Stichting De Waterheuvel is opgericht in 1986 als clubhuis volgens het Fountain House model, een (arbeids-)rehabilitatiemodel voor mensen met een psychiatrische achtergrond. De oorsprong van dit model ligt in de Verenigde Staten. In 1948 werd in New York het eerste clubhuis (Fountain House New York) opgericht door mensen met een psychiatrische achtergrond, die elkaar wilden ondersteunen bij hun terugkeer naar de maatschappij. Deze organisatie fungeerde als blauwdruk voor nieuwe clubhuizen, die overal in de wereld ontstonden. Momenteel zijn er enkele honderden clubhuizen in de hele wereld, waarvan De Waterheuvel er één is. De Waterheuvel was in 1986 het eerste clubhuis in Nederland. Na in het begin als pilot-project gefungeerd te hebben werd het voortbestaan van de stichting veilig gesteld, met name door jarenlange (financiële) steun van GGZ Buitenamstel (nu GGZ Ingeest), Fountain House Nederland, de Gemeente Amsterdam en diverse fondsen. Momenteel wordt De Waterheuvel grotendeels gefinancierd vanuit het Zorgkantoor en de Gemeente Amsterdam. De Waterheuvel is in de jaren negentig steeds verder uitgegroeid tot een actieve organisatie waar mensen met een psychiatrische achtergrond zich kunnen ontwikkelen op verschillende (werk-)gebieden. Dagelijks komen ongeveer 45 mensen naar De Waterheuvel om te werken en te leren. Daarnaast heeft De Waterheuvel verschillende werkervaringsplaatsen bij diverse projecten en organisaties in Amsterdam. Hier kunnen mensen met een psychiatrische achtergrond werkervaring opdoen. De Waterheuvel heeft diverse projecten opgezet waar diensten worden geleverd voor en door mensen met een psychiatrische achtergrond. Voorbeelden hiervan zijn De Warmline, lunchroom de Buren en Homeservice