Ruud Ouwerkerk voltooide zijn studie in 1978 aan de Opleiding voor Fysiotherapie van het toenmalige Academisch Ziekenhuis Leiden. Na zijn opleiding was hij parttime werkzaam in een kinderpraktijk in Voorschoten en deed hij verder ervaring op in algemene praktijken in Leiderdorp, Voorschoten en Leiden. In 1983 vestigde hij zich als zelfstandig algemeen- en kinderfysiotherapeut te Leiderdorp.
Als kinderfysiotherapeut is Ruud Ouwerkerk met name gespecialiseerd in het behandelen van kinderen met een motorische ontwikkelingsachterstand. Deze kinderen zijn vaak onhandig bij sport en spel, hebben vaak “ongelukjes” en kunnen problemen hebben met de schrijfmotoriek. Als algemeen fysiotherapeut deed hij vervolgopleidingen in onder andere de manuele therapie (methode Marsman) en de sportfysiotherapie.